El programa de vigilancia epidemiológica fitosanitaria es un componente estratégico para determinar la ocurrencia o ausencia de plagas cuarentenarias en campo utilizando herramientas confiables en sitios de riesgo.
Este programa se ejecuta desde el año 2010 a 2018, por los Organismos Auxiliares de Sanidad Vegetal (OASV), bajo las directrices y coordinación del SENASICA, en este programa el Gobierno Federal ha invertido $1,051.7 millones de pesos, de los cuales $162.5 se ejecutan en el presente año, para la vigilancia de 37 plagas de importancia cuarentenaria para México. La Vigilancia Epidemiológica Fitosanitaria, se realiza con el apoyo de 364 técnicos en las 32 Entidades Federativas, para lo cual se mantiene una red de trampeo de 21,725 trampas, las cuales se revisan cada semana, 6,350 puntos de vigilancia, cuya revisión se hace de forma quincenal, 1,353 parcelas centinelas, revisadas mensualmente, 75 sitios con plantas centinelas y la exploración en 232,000 hectáreas en promedio por año, todo ello con el fin de coadyuvar en el reconocimiento de áreas libres; soporte para análisis de riesgos de plagas, soporte de programas de exportación de productos agrícolas, y en su caso de la aplicación de medidas fitosanitarias con bases técnicas y científicas de acuerdo a su nivel de accionabilidad.
Para el monitoreo de la roya del café, se realizarán 15,030 revisiones de parcelas fijas y 23,053 revisiones de parcelas móviles, en total 38,083 revisiones en 10 entidades productoras de café.